Ngày 20/05/2010, GS.TS. Mai Trọng Nhuận (Nguyên giám đốc ĐHQGHN) đã ký Quyết định số 1507/QĐ-TCCB thành lập khoa Y Dược - ĐHQGHN trên cơ sở kế thừa truyền thống và tiếp nối lịch sử phát triển của Viện Đại học Đông Dương – tiền thân của ĐHQGHN.

Năm 2012, Tổ chức tuyển sinh khóa đầu tiên với hai ngành Y khoa và Dược học.[1]

Năm 2014, Sau hai năm học tập và làm việc tại các cơ sở đào tạo chung, trường đã hoàn thiện cơ sở vật chất tại Nhà Y1, 144 Xuân Thủy, Cầu Giấy, Hà Nội gồm 7 tầng với diện tích mặt sàn 4000 m2, khối văn phòng, giảng đường và hệ thống phòng thí nghiệm đầy đủ các trang thiết bị, máy móc hiện đại.

Năm 2017, Sinh viên khóa đầu tiên tốt nghiệp, đánh dấu việc hoàn thiện công tác đào tạo từ đầu vào tới đầu ra chất lượng cung cấp nguồn nhân lực đầu tiên trong lĩnh vực chăm sóc sức khỏe ra cộng đồng và xã hội.[2]

Ngày 27/10/2020, Trường Đại học Y Dược được Thủ tướng Chính phủ ký phê duyệt thành lập từ sự nâng cấp của khoa Y Dược - ĐHQGHN.[3][4] Đây là sự kiện có ý nghĩa đặc biệt quan trọng, góp phần hoàn thiện mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực của ĐHQGHN, phù hợp với mô hình đào tạo khối ngành khoa học sức khỏe của nhiều cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới.